Se requieren los estudios de navegabilidad y transporte en la hidrovía del Morona estableciéndose regímenes hidrológicos, señalización de ruta fluvial, obras de protección y encausamiento del río que permita promover el uso racional y ordenado de una navegación fluvial segura, preservando el medio ambiente con criterios de desarrollo sustentable.

Dentro de los compromisos asumidos en los encuentros Presidenciales Ecuador-Perú se estableció la necesidad de mejorar las condiciones de navegabilidad integral del río Morona, que involucre a los tramos fluviales de ambos países, que partiendo desde la confluencia de los ríos Cangaime y Mangosiza llegue a la confluencia del río Marañón, con lo cual se promovería el uso racional y ordenado durante todo el año de la navegación fluvial, mejorando las condiciones de tráfico, aumentando la seguridad y preservando el medio ambiente.

Ecuador en un primer momento definió la necesidad de este estudio para lo cual se identificó el monto de $ 800.000 como contraparte nacional al crédito de la CAF 3032 destinado hacer los estudios de pre inversión del eje multimodal del Amazonas (IIRSA). Para lo cual se ha realizado las consultas jurídicas y técnicas que permitan la contratación de los estudios de pre factibilidad a ejecutarse por parte del instituto océano grafico de la armada nacional INOCAR.

Se desarrollaron los términos de referncia para realizar los estudios de Navegación del Río Morona los mismos que contemplan únicamente el tramo Ecuatoriano de 18 Km aproximadamente.

Sin embargo de lo anterior el planteamiento es que los estudios deben realizarse de manera Binacional, Ecuador propuso que este proyecto se lo trabaje de manera conjunta con Perú lo que fue tratado en varios foros Binacionales, al ser aceptado por Perú se dio inicio a la elaboración de los TDRs, de manera conjunta los que una vez consensuados con el Perú fueron remitidos al BID ya que serán financiados mediante una Cooperación No Reembolsable para los dos países, el BID han enviado las inviataciones mediante lista corta y se encuentran a la espera de la entrega de las ofertas, el plazo de entrega de los estudios es diciembre del 2012 y el monto propuesto es de USD 1088.677,00.

En los TDRs se considera los estudios integrales de la navegabilidad del Río Morona que contemplan el tramo Ecuatoriano ( 18.00 KM) y el tramo Peruano (432.00 KM), en el tramo comprendido entre la confluencia de los ríos Macuma y Cushuime a la altura de la localidad de Vargas Guerra hasta la confluencia con el río Marañón; el monto aproximado solicitado al BID es de: 2 millones de dólares, siendo el costo estimado de los estudios de acuerdo a los TDRs de USD 1.088.677,44.

Luego de cumplido con todo el proceso del BID se ha suscrito el contrato con el Consorcio SERMAN&ASOCIADOS S.A. el plazo se inició el 15 de octubre del 2013, por 270 días calendario, el estudio se encuentra en ejecución, se aprobó el primer Informe presentado por la Consultora.

Se ha presentado el borrador del Informe Final del Estudio, el Informe Definnitivo se  lo entregará a finales de septiembre de 2014.

El Informe Final SERMAN & ASOCIADOS entregó a los dos países en el mes de febrero del 2015, documento que será analizado para determinar que otras acciones se deberán realizar para lograr finalmente la interconexión con el río Amazonas.

El informe de estudio de navegabilidad se encuentra concluido en el que constan recomendaciones para mejorar la navegabilidad del río Morona es importante mantener reuniones con Perú para establecer los mecanismos necesarios de manera conjunta para que Ecuador de manera técnica y con el acuerdo de Perú pueda realizar la navegación en el río Morona para lo cual es necesario que las entidades de control de los dos paises actuen de manera conjunta para la emisión de los permisos de navegación de acuerdo al flujo de embaracaciones que puedan presentarse en este río.

Mediante una Cooperación Técnica No Reembolsable, el BID aprobó el financiamiento del Estudio de Navegabilidad Comercial Binacional del río Morona. Se contrató al Consorcio SERMAN&Asociador S.A. - CSI Ingenieros SA - ECSA Ingenieros SA, iniciando el plazo contractual el 15 de octubre del 2013, por un plazo de 270 días calendario. A la fecha el estudio se encuentra concluido (IV Trim. 2014). El estudio propone un plan de inversiones por US$ 5.24 millones (Escenario Base), que incluye Sistemas de navegación fluvial, Sistemas de información sobre niveles de río, Ayudas a la navegación, limpieza de cauce, mejoramiento de infraestructura portuaria, construcción de escalinatas, obras de dragado, entre otras.

En base al Estudio de Navegabilidad, de acuerdo a la nueva normatividad del Sistema de Programación Multianual, será necesario formular los estudios de preinversión para justificar la viabilidad de las inversiones, a fin de comprometer recursos públicos en su ejecución, para lo cual se viene preparando los términos de referencia del proyecto "Mejoramiento de las Condiciones de Navegabilidad del río Morona, tramo peruano". Se estima iniciar el estudio en el I Trimestre del 2018.