En Puerto Asís, es donde se hace la transferencia a modo fluvial. Desde este punto, el río Putumayo es navegable hasta su desembocadura, con algunos sectores críticos en períodos de aguas bajas.
Durante el 2007 y 2008 se realizaron obras de protección y adecuación del muelle la Esmeralda por un valor de USD 734.700, que incluyeron la adecuación de la vía de acceso y la protección del talud del muelle contra la socavación.
En 2009 se contrató el mantenimiento del muelle, mediante convenio con el Municipio de Puerto Asís, en el que se adelantó el mantenimiento de 2,5 Km de la via de acceso que se encuentra en afirmado, construcción de unidad sanitaria, y mantenimiento de la estructura de acceso, del muelle flotante y la ampliación del alumbrado público. Inversión: US $ 162.000.
En 2009 se dio inicio a la construcción del muelle de pasajeros mediante convenio con Acción Social, ubicado 90m aguas arriba del muelle de carga y que consiste en un muelle flotante con rampas en concreto, su construcción finalizó en 2010. Inversión US $ 550,000.
Para el año 2012 se realizaron labores de mantenimiento y obras complementarias por US $0,3 millones, que incluyen la construcción de una estructura para tratamiento de residuos sólidos, líquidos convencionales y peligrosos, una estructura para el manejo y trasiego de combustibles y la rehabilitación de estructuras para el buen manejo de los drenajes de aguas lluvias; sin embargo el contratista seleccionado únicamente ejecutó el 37% del valor de las obras y se iniciaron acciones para imponer multas y sanciones, así como para iniciar una nueva contratación para culminar las obras.